El INE Baja California tiene coordinación interinstitucional con autoridades de Seguridad
La instalación se realizó bajo la coordinación de la Secretaría General de Gobierno y la Secretaría de Seguridad Ciudadana del Poder Ejecutivo del estado, también con la participación del Instituto Estatal Electoral de Baja California (IEEBC). Además, de la Secretaría de la Defensa Nacional, la Secretaría de Marina Armada de México, la Guardia Nacional y el Centro Nacional de Inteligencia.