El Consejero Electoral del INE explicó que seis Consejerías del Instituto consideraron que las reformas a los artículos 45 y 48 de la Ley General de Instituciones y Procedimientos Electorales vulneran las garantías de certeza, independencia, imparcialidad y máxima publicidad, que son principios rectores de la función electoral y del funcionamiento del INE, «antes, el Consejo General tenía la atribución de designar a los titulares de las direcciones ejecutivas por una mayoría de ocho votos a propuesta de la Presidencia. Con la reforma, esta atribución pasa directamente a la Presidencia, que puede designar de manera directa y sin consultarlo con el Consejo General». Asimismo, mencionó que la Junta General Ejecutiva ahora tiene atribuciones para regular prácticamente todo el funcionamiento ordinario del Instituto, sin pasar por el Consejo General.
En tanto, señaló que estas reformas afectan la independencia y la imparcialidad del INE, ya que concentran el poder de designación en una sola persona, «no es lo mismo que la designación se haga por una sola persona a que se haga por 11». Por estas razones, dijo, el Consejo General del INE decidió instruir a la Secretaría Ejecutiva para que presentara la controversia constitucional ante la SCJN. Aclaró que esta acción no representa un enfrentamiento con el Legislativo, sino una defensa del diseño institucional del INE.